Kemunculan ninja pada tahun
522 berhubungan erat dengan masuknya
seni nonuse ke
Jepang. Seni nonuse inilah yang membuka jalan bagi lahirnya ninja.
Seni nonuse atau yang biasa disebut seni bertindak diam-diam adalah suatu praktek keagamaan yang dilakukan oleh para pendeta yang pada saat itu bertugas memberikan info kepada orang-orang di pemerintahan. Sekitar tahun 645, pendeta-pendeta tersebut menyempurnakan kemampuan bela diri dan mulai menggunakan pengetahuan mereka tentang nonuse untuk melindungi diri dari intimidasi pemerintah pusat.
Pada tahun
794-
1192, kehidupan masyarakat Jepang mulai berkembang dan melahirkan kelas-kelas baru berdasarkan kekayaan. Keluarga kelas ini saling bertarung satu sama lain dalam usahanya menggulingkan kekaisaran. Kebutuhan keluarga akan pembunuh dan mata-mata semakin meningkat untuk memperebutkan kekuasaan. Karena itu permintaan akan para praktisi nonuse semakin meningkat. Inilah awal kelahiran ninja. Pada
abad ke-16 ninja sudah dikenal dan eksis sebagai suatu keluarga atau
klan di kota
Iga atau
Koga. Ninja pada saat itu merupakan profesi yang berhubungan erat dengan intelijen tingkat tinggi dalam pemerintah feodal para raja di jepang. Berdasarkan hal itu, masing-masing
klan memiliki tradisi mengajarkan ilmu beladiri secara rahasia dalam keluarganya saja. Ilmu beladiri yang kemudian dikenal dengan nama
ninjutsu. Dalah ilmu yang diwariskan dari leluhur mereka dan atas hasil penyempurnaan seni berperang selama puluhan generasi. Menurut para ahli sejarah hal itu telah berlangsung selama lebih dari 4 abad. Ilmu itu meliputi filsafat FUDOSHIN,
spionase, taktik perang komando, tenaga dalam, tenaga
supranatural, dan berbagai jenis bela diri lain yang tumbuh dan berkembang menurut zaman.
Namun ada sebuah catatan sejarah yang mengatakan bahwa sekitar abad ke-9 terjadi eksodus dari
Cina ke
Jepang. Hal ini terjadi karena runtuhnya
dinasti Tang dan adanya pergolakan politik. Sehingga banyak pengungsi yang mencari perlindungan ke jepang.sebagian dari mereka adalah jendral besar, prajurit dan
biksu. Mereka menetap di
provinsi Iga, di tengah pulau
Honshu. Jendral tersebut antara lain
Cho Gyokko,
Ikai Cho Busho membawa pengetahuan mereka dan membaur dengan kebudayaan setempat. Strategi militer, filsafat kepercayaan, konsep kebudayaan, ilmu pengobatan tradisional, dan falsafah tradisional. Semuanya menyatu dengan kebiasaan setempat yang akhirnya membentuk ilmu yang bernama ninjutsu.